Obračun plaća obuhvaća izračun i evidenciju plaća radnika, obračun dodataka na plaću i obračun obustava. Sustav OperaOpusTM nudi više načina izračuna, mogućnost izmjene modela izračuna te knjižiti više akontacija. Unos radnih sati obavlja se ručno, prijenosom podataka iz evidencije radnog vremena ili pomoću funkcija za grupni unos. Sustav omogućava detaljno i realno vrednovanje rada u poduzeću. U dani modul su uključeni svi zakonski mjesečni i godišnji izvještaji, izrada diskete za banku, te generiranje i ispis virmana.
U sklopu obračuna plaća, sustav nudi evidentiranje radnog vremena kao podloge za generiranje određenih sati rada. Evidencija radnog vremena namijenjena je prvenstveno proizvodnim poduzećima, koja bilježe vrijeme dolaska i odlaska radnika s radnog mjesta. Podaci se mogu upisivati ručno ili preuzeti iz automatiziranog sustava za praćenje ulaza i izlaza radnika. Sustav OperaOpusTM podržava eksport podataka o evidenciji radnog vremena iz sustava za praćenje ulaza i izlaza radnika slovenskog poduzeća ŠPICA. Radni sati se automatski klasificiraju kao redovni, prekovremeni, smjenski, rad praznikom itd. Podaci iz evidencije radnog vremena na jednostavan se način prenose u obračun plaće.